據(jù)新華社杭州電 （記者朱涵）杭州華大生命科學研究院聯(lián)合美國斯坦福大學、我國武漢大學等高校和科研機構，開發(fā)出高精度生命全景時空算法工具“Spateo”，使空間轉錄組學技術能夠精細地重構器官三維結構，系統(tǒng)地量化基因和細胞的時空動態(tài)過程。相關論文近日在國際學術期刊《細胞》上發(fā)表。
論文通訊作者之一、杭州華大生命科學研究院白寅琪博士介紹，空間轉錄組學技術能夠準確反映細胞的空間排布和RNA的原位表達，是生命科學研究的重大技術創(chuàng)新，但使用這種技術所產(chǎn)生的大量原始數(shù)據(jù)，仍需要結合算法工具進行處理、分析，才能找到在空間分布上具有意義的細胞和基因表達。
“此前的算法工具大多側重于空間原位信號的可視化，但缺乏系統(tǒng)性分析數(shù)據(jù)的方法。這是我們進行新型工具研發(fā)的原因?！卑滓髡f。
據(jù)介紹，研究團隊此次開發(fā)出的算法工具采用數(shù)學建模方式，具備三維重建、區(qū)域數(shù)字化、細胞間相互作用推斷、宏觀組織與微觀基因關聯(lián)以及用于交互式操作的可視化界面等功能。
為驗證性能，研究團隊以小鼠胚胎和果蠅發(fā)育的研究為例，探索了三維空間中隨時間變化的器官生態(tài)形成機制，并構建了小鼠胚胎發(fā)育的“3D分子全息圖”。
“新工具將顯著提高科研人員對發(fā)育過程中器官形成的理解，幫助科研人員進一步從時間和空間維度上認知基因、細胞，為推進胚胎發(fā)育、腦科學、疾病等多個領域的研究提供支撐?！卑滓髡f。
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